Panamas nationella flygbolag Copa Airlines (CM) har sin bas i Panama City. Flygbolaget, som är en del av Star-alliansen, erbjuder nonstop-flygningar till ungefär 70 destinationer i 30 länder i Centralamerika, Nordamerika, Sydamerika och Västindien. Dess flygplansflotta har två kabiner: affärsklass och ekonomiklass. Flygbolagets nav finns vid Tocumen International Airport (PTY), som ligger i Panama City. Bland fokusstäderna finns El Dorado International Airport (BOG) i Bogota, La Aurora International Airport (GUA) i Guatemala City, San José, Juan Santamaría International Airport (SJO) i Costa Rica och Augusto C. Sandino International Airport (MGA) i Managua.